CDM的运作程序复杂，牵涉到国内外的多层管理体系，需要制订出专业、标准化的方法学，操作过程中涉及到买、卖、中介、监督等多个参与方，如此复杂庞大的机制，在实际运行中存在着诸多问题。

1。 CDM管理体系

目前，在这个流程中的的诸多机构都出现了问题，以下重点研究EB、DOEs和DNAs。

（1）EB

a. 工作方式

EB及其各小组的自底向上的工作和决策方式减慢了CDM项目的审批速度。

b. 开会时间短

EB每年开会的时间不超过30天，而申请项目数量成指数增长，意味着EB对每个项目的考虑时间可能只有几分钟甚至更少。

c. EB人员过少

EB的专家成员只有10人，尽管他们在自身领域都很专业，但全部成员都是兼职。为了保证专家的权威性以及维持结构比例，EB不太可能增加人数。而目前，申报待注册的CDM项目迅速增加，EB需要审批的项目从2006年的400件迅速提高到2007的1100余件，2008年又大幅度增加。EB人员的不足将对CDM的发展构成“瓶颈式”威胁。

d. EB自身能力有待提高

EB过去一直主张要为EB及其附属机构的能力建设。确保其工作人员都有相当的知识和业务水平，以应对工作的需要。可事实上，就目前而言，EB的知识和能力与DOEs和项目业主的期望还有所差距，特别是EB的新人员，迫切需要其迅速提高业务和知识水平。工作能力上的缺陷往往会导致新方法学审批、项目注册及CERs签发在时间上的延迟。另外，在过去五年中，EB及秘书处是一种仍处于一种被动的模式，往往是边做边学，其工作能力需要提高。

（2）DOE（指定性经营实体）

DOEs是CDM项目审定和核实的基石，在马拉喀什框架下，DOEs被看成是EB的扩充，它们的工作的目的是建立起CDM机制中的信誉体系。但是，到目前为止，DOEs的表现还无法让人满意，特别是秘书处和EB对DOEs的表现和整理质量非常不满。图2.2显示了每次EB会议请求注册项目数量和重审项目数量的比较。被要求复审的项目数量在近几次的EB会议上不断增长。

图2 EB会议请求注册司昂木数量和重审项目数量对比

（3）DNA（国家CDM主管机构）

随着申请项目数量的增加，DNAs的工作量也不断增大。由于DNAs规模无法大幅度增加，项目申请周期会延长，从而影响项目进展。进一步CERs交易价格和财政预算都会受到延时的影响。

2. 方法学

（1）新方法学审批慢

申请方法学和注册项目的程序复杂，审批过程缓慢，EB的方法学小组对方法学的审批过于严格。截至2008年3月5日，在提交的435个方法学中，已通过批准的仅有108个，而且EB表示不会放弃严格的额外性标准。造成目前项目数量少，交易成本高，风险大。

（2）额外性问题

很多项目中，额外性被项目开发者包装以后往往成为了数字游戏，失去了实际意义。CERs的低价格以及CDM项目较高的审批风险和交易成本产生的直接后果是，东道国只开发已具备经济可行性的项目作为CDM项目。

3. 项目注册和CERs签发

（1）项目注册时的时间耽搁

目前，CDM项目注册时间较长，往往在项目提交注册和网上公示之间存在较长的等待期，而这个时间耽搁并未得到明确的解释。

（2）项目复审率高

图3显示了复审项目的数量持续增加。在EB的34次会议上，95%的项目被需要复审。这同时也显示出EB对DOEs的及其不信任。

图3 EB会议上被要求复审项目所占比例

4. 实际运行

目前，很多CDM项目的在成功获得联合国注册后，项目实际减排签发量往往比估算值低很多，在垃圾填埋气项目中尤其严重。某些在垃圾填埋气项目的实际减排量仅有项目估算值的1/6，这类项目造成项目面临巨大的合同风险。

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