大气物理研究所前身是1928年成立的原中央研究院气象研究所。大气物理研究所主要研究大气中各种运动和物理化学过程的基本规律及其与周围环境（四大圈层）的相互作用，特别是研究在青藏高原、热带太平洋和我国复杂陆面作用下的东亚天气气候和环境的变化机理、预测理论及其探测方法，以建立“东亚气候系统”和“季风环境系统”的理论体系及遥感观测体系，发展新的探测和试验手段，为天气、气候和环境的监测、预测和控制提供理论和方法。该所从事气候变化研究的专家主要有黄耀、叶笃正、王会军、黄耀、石广玉、郑循华、王标、李巧萍、姜大膀、张仁健、王宏等。其中黄耀研究员主要从事大气环境、陆地生态系统碳氮循环与全球变化生物学研究，其创作的有关稻田甲烷排放模型被政府间气候变化专门委员会（IPCC）在其2000年国家温室气体排放清单编制指南中建议将该模型用于编制稻田甲烷排放清单。